cleanUrl: "how-to-upload-data-to-geo"
description: "GEO에 생산한 시퀀싱 데이터와 프로세싱된 데이터를 업로드하는 방법을 설명합니다."
공동 연구 시, 생산된 raw sequencing data 및 processed data를 GEO에 업로드해야 할 경우가 있다.
Submitting high-throughput sequence data to GEO
Metadata table을 채우자. 예시는 아래에.
(1) Raw data, (2) Processed data (peak이나 expression table), (3) metadata를 하나의 폴더 안에 준비하자. 폴더 이름은 대충 구분 가능한 폴더명으로 정하자. GEO 측에서는 geo_submission_oct24
와 같은 폴더명을 추천한다.
Submit을 시작하면, FTP login 정보와 개인에게 할당된 디렉토리 위치를 준다.
ncftp
나 lftp
로 파일을 옮길 수도 있고, 윈도우의 경우 FileZilla client를 이용해서 옮길 수 있다.그 디렉토리에 데이터를 올린 뒤에 GEO 측에 notify 하면 된다. 데이터 전송 속도는 매우 느리다 (~1MB/s). 이 속도는 상황에 따라 더 빨라질 수도 있을 것 같지만, 여유를 두고 준비하자.