cleanUrl: "namd-usage"
description: "Molecular dynamics simulation을 위한 툴인 NAMD의 사용법을 정리합니다."

http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/namd/namd-tutorial-unix.pdf

NAMD, VMD 튜토리얼

설치

• http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/

• 간단한 등록이 필요.

• 설치 후 압축 풀면 아래와 같은 binary들이 있다.

  

Tutorial

• 6pti.pdb 파일 받기

• PDB 파일에서 단백질 / 물 분자 분리하기

  grep -v '^HETATM' 6PTI.pdb > output/6PTI_protein.pdb
  grep 'HOH' 6PTI.pdb > output/6PTI_water.pdb
  

psf 파일 생성

• Topology 파일 받기

  • http://mackerell.umaryland.edu/charmm_ff.shtml

• VMD 실행해서

• Topology 파일 불러오기

  topology toppar/top_all22_prot.inp
  

• Segment 만들고 N-terminal과 C-terminal에 각각 ACE와 CT2를 붙이기

  • ACE와 CT2는 patch residue의 일종이고, topology file을 열어보면 그 안에 정의되어 있다.

  segment BPTI {
  pdb output/6PTI_protein.pdb
  first ACE
  last CT2
  }
  

• Disulfide bond를 붙인다.

  patch DISU BPTI:5 BPTI:55
  patch DISU BPTI:14 BPTI:38
  patch DISU BPTI:30 BPTI:51
  

• ILE residue에서는 CD의 이름이 CD1이므로 alias가 필요하다.

  alias atom ILE CD1 CD