cleanUrl: "pisces"
description: "PDB 단백질 구조 데이터셋 구성을 쉽게 해주는 PISCES 서버 사용법을 정리합니다."

PISCES: a protein sequence culling server

• Protein Data Bank (PDB)로부터, sequence identity cutoff와 structural quality 기준을 바탕으로 단백질 서열 및 구조 데이터셋을 구성해주는 서버이다.
• PSI-BLAST를 써서 sequence identity가 계산되어 있어서, 단순 BLAST보다 distant homology relationship을 더 잘 포착한다.
• 일주일 주기로 PDB sequence들이 업데이트 된다.

PISCES 서버를 이용한 데이터셋 구성 방법

1. https://dunbrack.fccc.edu/pisces/ 에 접속한다.
2. 원하는 sequence identity cutoff과 resolution 기준을 선택한다.
3. Download PDB file를 클릭하여 구성된 데이터셋을 다운받는다.

예시 1

• 다음과 같은 조건으로 데이터셋을 한번 구성해 보았다. 얼마나 많은 구조를 쓸 수 있을까?

→ 결과: 11,415개의 chain을 얻는다.

• List of PDB chains

  cullpdb_pc30.0_res0.0-2.0_len40-10000_R0.25_Xray_d2023_03_30_chains11415.fasta.txt

• FASTA

  cullpdb_pc30.0_res0.0-2.0_len40-10000_R0.25_Xray_d2023_03_30_chains11415.txt

예시 2)

→ 결과: 351개의 chain을 얻는다.

• List of PDB chains

  cullpdb_pc30.0_res0.0-1.0_len40-10000_R0.25_Xray_d2023_03_30_chains351.txt

• FASTA

  cullpdb_pc30.0_res0.0-1.0_len40-10000_R0.25_Xray_d2023_03_30_chains351.fasta.txt

예시 3)

→ 결과: 9471개의 chain을 얻는다.

예시 4)