cleanUrl: "rosetta-ddg-monomer-usage"
description: "Rosetta ddg-monomer의 사용법을 정리합니다."
rosetta/main/source/src/apps/public/ddg/ddg_monomer.cc
Helper application minimize_with_cst
→ cst=constraint
$ROSETTABIN/minimize_with_cst.static.linuxgccrelease
Helper script convert_to_cst_file.sh
rosetta/main/source/src/apps/public/ddg/convert_to_cst_file.sh
Tests
rosetta/main/tests/integration/tests/ddG_of_mutation
Monomeric protein에 발생한 mutation에 의해서 변화하는 단백질 안정성 예측
ddG = mutant energy - wildtype energy
Wildtype과 mutant structure 각각 50개의 모델을 만들어서, 가장 좋은 3개의 structure의 score 평균의 차이로 구한다.
Backbone conformational freedom을 조금만 허용한다.