cleanUrl: "rosetta-ddg-monomer-usage"
description: "Rosetta ddg-monomer의 사용법을 정리합니다."

Application 위치

rosetta/main/source/src/apps/public/ddg/ddg_monomer.cc

Helper application minimize_with_cst → cst=constraint

$ROSETTABIN/minimize_with_cst.static.linuxgccrelease

Helper script convert_to_cst_file.sh

rosetta/main/source/src/apps/public/ddg/convert_to_cst_file.sh

Tests

rosetta/main/tests/integration/tests/ddG_of_mutation

목적

Monomeric protein에 발생한 mutation에 의해서 변화하는 단백질 안정성 예측

ddG = mutant energy - wildtype energy

Input

• Crystal structure of wild-type (Pre-minimized 되어야 함.)
• Mutation file (resfile) 형태

방법

Wildtype과 mutant structure 각각 50개의 모델을 만들어서, 가장 좋은 3개의 structure의 score 평균의 차이로 구한다.

1) High-resolution protocol

Backbone conformational freedom을 조금만 허용한다.

1. Rosetta의 side-chain optimization module (packer)를 사용해서 단백질의 모든 residue를 최적화.